一、苏木精—伊红染色
苏木精—伊红染色法(hematoxylin-eosinstaining)，简称HE染色法，石蜡切片技术里常用的染色法之一。苏木精染液为碱性，主要使细胞核内的染色质与胞质内的核糖体着紫蓝色；伊红为酸性染料，主要使细胞质和细胞外基质中的成分着红色。
易于被碱性或酸性染料着色的性质分别被称为嗜碱性和嗜酸性，而对碱性染料和酸性染料亲和力都比较弱的现象称为中性。细胞内的酸性物质如细胞核的染色质、腺细胞和神经细胞内的粗面内质网及透明软骨基质等均被碱性染料染色，这些物质称为嗜碱性。而细胞质中的其它蛋白质如红细胞中的血红蛋白、嗜酸粒细胞的颗粒及胶原纤维和肌纤维等被酸性染料染色，这些物质称为嗜酸型。脱氧核糖核酸（DNA）两条链上的磷酸基向外，带负电荷，呈酸性，很容易与带正电荷的苏木精碱性染料以离子键结合而被染色。苏木精在碱性溶液中呈蓝色，所以细胞核被染成蓝色。伊红是一种化学合成的酸性染料，在水中离解成带负电荷的阴离子，与蛋白质的氨基正电荷的阳离子结合使胞浆染色，细胞浆、红细胞、肌肉、结缔组织、嗜伊红颗粒等被染成不同程度的红色或粉红色，与蓝色的细胞核形成鲜明对比。
流程
1.将脱蜡至水的切片放入苏木精水溶液中染色数分钟。
2.酸水及氨水中分色，各数秒钟。
3.流水冲洗1h后入蒸馏水片刻。
4.70%和90%酒精中脱水各10min。
5.酒精伊红染色液染色2-3min。
6.染色后的切片经纯酒精脱水，再经二甲苯使切片透明。
7.将已透明的切片滴上加拿大树胶，盖上盖玻片封固。
二、尼氏染色
尼氏(Nissl)染色液(NisslStainingSolution)是神经生物学家广泛使用的一种Nissl染色液，用于石蜡或冰冻切片神经元细胞浆中的尼氏小体(Nisslbody)染色。Nissl染色是以德国的精神病学家和神经病理学家FranzNissl的名字命名的。
Nissl染色液染色后呈蓝紫色，常用于显示脑或脊髓的基本神经结构。Nissl小体大而数量多，说明神经细胞合成蛋白质的功能较强；相反在神经细胞受到损伤时，Nissl小体的数量会减少甚至消失。Nissl染色液染色的有效成分是碱性染料焦油紫(Cresylviolet)，又名甲酚紫和克紫，它可以和RNA或DNA结合，可以染色粗面型内质网上的核糖体，也可以染色细胞核。染色后使细胞体呈现斑驳的(mottled)蓝紫色染色。也可以用thionine(硫荲)；tolridineblue(甲苯胺蓝)等碱性染料。
流程：
1.样本处理
2.尼氏染色：染色3-10分钟，蒸馏水洗涤2次（每次数秒钟即可），95%乙醇约5s
3.脱水、透明、封片
三、扫描电镜
扫描电镜是年发明的较现代的细胞生物学研究工具，它具有制样简单、放大倍数可调范围宽、图像的分辨率高、景深大等特点。近年来，扫描电镜已广泛地应用在生物学、医学、等学科的领域中。
主要是通过发射电子聚焦光束来扫描样品的表面形态.电子束与样品表面的样子发生作用,产生多种能够被检测的信号,这些信号就包含了样品的表面形态和组成.染色。
流程
1.样品的初步处理
a.取材样品面积可达8mm×8mm，厚度可达5mm。对于易卷曲的样品如血管、胃肠道粘膜等，可固定在滤纸或卡片纸上，以充分暴露待观察的组织表面。
b.样品的清洗
(1)用等渗的生理盐水或缓冲液清洗；
(2)用5%的苏打水清洗；
(3)用超声震荡或酶消化的方法进行处理。
c.固定
固定所用的试剂和透射电镜样品制备相同，常用戊二醛及锇酸双固定。由于样品体积较大，固定时间应适当延长。也可用快速冷冻固定。
d.脱水
样品经漂洗后用逐级增高浓度的酒精或丙酮脱水，然后进入中间液，一般用醋酸异戊酯作中间液。
2.样品的干燥
a.空气干燥法
空气干燥法又称自然干燥法，就是将经过脱水的样品，让其暴露在空气中使脱水剂逐渐挥发干燥。这种方法的最大优点是简便易行和节省时间；它的主要缺点是在干燥过程中，组织会由于脱水剂挥发时表面张力的作用而产生收缩变形。因此，该方法一般只适用于表面较为坚硬的样品。
b.冷冻干燥法
(1)置于冷冻保护剂中：将样品置于冷冻保护剂中浸泡数小时。常用的冷冻保护剂为10%～20%二甲基亚砜水溶液，或15%～40%甘油水溶液。
(2)骤冷：将经过保护剂处理的样品迅速投入用液氮预冷至(℃的氟利昂冷冻剂中，使样品中的水分很快冻结。
(3)干燥：将已冻结的样品移到冷冻干燥器内已预冷的样品台上，抽真空，经几小时或数天后，样品即达到干燥。本方法不需要脱水，避免了有机溶剂对样品成分的抽提作用，不会使样品收缩，也是较早使用的方法。但是，由于花费时间长，消耗液氮多，容易产生冰晶损伤，因此未被广泛应用。
3.样品的导电处理(真空镀膜法)
真空镀膜法是利用真空膜仪进行的。其原理是在高真空状态下把所要喷镀的金属加热，当加热到熔点以上时，会蒸发成极细小的颗粒喷射到样品上，在样品表面形成一层金属膜，使样品导电。喷镀用的金属材料应选择熔点低、化学性能稳定、在高温下和钨不起作用以及有高的二次电子产生率、膜本身没有结构。现在一般选用金或金和碳。为了获得细的颗粒，有用铂或用金-钯、铂-钯合金的。金属膜的厚度一般为10nm～20nm。真空镀膜法所形成的膜，金属颗粒较粗，膜不够均匀，操作较复杂并且费时，目前已经较少使用。
4.拍摄
四、Timm染色
Timm染色方法是一种能够显示组织细胞内重金属分布的常用方法。苔藓纤维末端是脑内含锌量最高的区域，因此可以用此方法显示苔藓纤维末梢分布的情况。其原理是对离子状态、疏松结合或螯合状态下的锌离子染色，便于光、电镜的观察。
服务内容
1.切片贴附于多聚赖氨酸处理过的载玻片上，-20°保存。
2.做的时候拿出来晾干，约10分钟。
3.把Timm显影剂倒入修复盒中，放在在26℃的水浴箱或恒温摇床里染色90-min，染色必须在避光的条件下进行。
4.染色后，切片用蒸馏水冲洗几遍，可以尼式染色复染，也可不复染。
5.晾干，中性树脂封胶片。
五、VG染色
胶原纤维染色原理与阴离子染料分子的大小和组织的渗透有关。分子的大小由分子量来体现，小分子量易穿透结构致密、渗透性低的组织，而大分子量则只能进入结构疏松的、渗透性高的组织。PA分子量小，丽春红和复红次之，淡绿分子量最大。VG染色后，肌纤维呈黄色，胶原纤维呈红色。VanGieson染色液常用于区分胶原纤维和肌纤维，可区分是胶原纤维源性肿瘤还是肌源性肿瘤，观察组织或器官的损伤、修复与纤维化程度。
服务内容：
1.试剂的配制：
weigert氏苏木素
A液：苏木素1g（haematoxylin）+无水酒精mL
B液：30%三氯化铁4ml（ferricchloride）+蒸馏水95mL+盐酸1mL
VanGieson氏液
A液：酸性品红1g（acidfuchsin）+蒸馏水mL
B液：苦味酸饱和水溶液，（1.22%）（picricacid）
2.操作方法：（后面的各种方法，如没特别说明，都在室温下进行）
1)切片脱蜡至水
2)用Weigert氏苏木素染20min
3)水洗，必要时可分化
4)流水冲洗10min
5)染VanGieson氏液1min
6)用95%酒精快速分化
7)无水酒精脱水，二甲苯透明，封固。
结果：
胶原纤维：鲜红色，肌纤维：黄*色，红细胞：黄*色，细胞核：蓝黑或灰色。
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