心为阳（火）脏在上，肾为阴（水）脏在下，上下水火要交济。在人体通天的周体运转的造化变易规律的作用下，为心藏神，肾藏精，主藏志，心为君火，肾为相火（命火），心火肾水要相融、君火相火要安位。故心与肾二脏在人体生命活动通天的周体运转的造化变易规律当中相互之间的关系，主要表现在心肾之间阴阳是否相互交融协调而和谐、及志神调节人体随心神主宰而所做的意志和经验存志的反应能力，是否相互协调的生理病理关系，也就是人体生命活动通天的周体运转的造化变易规律之本元。但心肾相交的机理又要从：水火既济、精神互用、君相安位三方面来论述。
心在五行属火，肾在五行属水，水克火，故以五行相生相克的生理关系而言，是心系统要受肾系统克制的生理关系。
（一）水火既济：心居上焦属阳，在五行属火。肾居下焦属阴，在五行属水。在人体通天的周体运转的造化变易规律当中，从阴阳水火升降理论而言：在上者宜下，在下者宜升，升而又降，降而又升。心位在上，故心火（阳）必须要下降于肾，以温肾水而不寒。肾位居下，故肾水（阴）必须要上济于心，以凉润心火而不致亢旺。肾无心火之温煦则水寒，心无肾阴之凉润则火炽。所以，心和肾在人体通天的周体运的造化变易规律当中相互之间的水火要升降互济，还要结合其它系统的升降作用来辅助，则能维持两脏之间生理机能通天的周体运转的造化变易规律，动态协调平衡统一有序而和谐。另外，根据阴阳交感和互藏的机理，肾气分为肾阴与肾阳，肾阴上济要靠肾阳的鼓动下，化为肾气以上济于心。心气分为心阴心阳，心火的下降需在心阴的凉润作用下，化为心气以下行助肾。
（二）精神互用：心藏神，肾藏精。精能化气生神，为气、神的化生之源。神能控精驭气，为精、气之主。故积精全神，神清可以控精驭气。精足神旺，神旺精足。精足神旺则神清明，神清明则能控精驭气，以主宰人体通天的周体运转的造化变易规律和一切生理机能活动及意识、思维、情感等的精神活动。
（三）君相安位：心为君火，肾为相火（命火），君火在上，如红日当空，烛照万物，为一身之主宰。相火（命火）在下，为阳气之根，为神明之根本。命火秘藏，则心阳充足，心阳充旺，则相火充盛。君火相火，各安其位，则会心肾上下交济，通天的周体运转的造化变易规律动态协调平衡统一有序而和谐。故心与肾之间的关系，也就是心阳与肾阳的关系。
在病理上：心和肾之间的水火、阴阳、精神动态协调平衡统一有序而和谐的生理机能失常，可累及人体通天的周体运转的造化变易规律及自愈（阴阳平衡）机能失调而发病。这种现象称为“心肾不交”。主要表现在：水不济火，即：“肾阴亏于下”而“心火亢于上”的阴虛火旺之症。在治疗上用：“清心火、滋肾阴。”之法。用医圣·张仲景《伤寒论》的“黄连阿胶汤”之类的方剂因人因时因地加减来治之。肾阳虚与心阳虚互为影响的心肾阳虚，而导致阳不化水的水湿泛滥之证。在治疗上要用：“补肾阳、温脾阳、暖心阳、利水湿”之法，用医圣·张仲景《伤寒论》的“真武汤”之类的方剂因人因时因地制宜加减来治之。肾精亏虚以至精血不足而引起心神失调的精亏神逸的病症。治宜：“交通心肾、清心安神”之法。用明·韩懋《韩氏医通》的“交泰丸”之类的方剂因人因时因地制宜加减来治之。
在五行学说，心与肾是相克的生理关系，即“水克火”，在生理上，是肾气要有序的递相克制、制约心气的生理关系。如：肾之寒水上济于心，可以抑制心之阳热之气太过亢旺而上炎伤及其他脏腑，共同来维持二脏自身及五大系统脏腑之气相互之间通天的周体运转的造化变易规律，动态协调平衡统一有序的状态。
反之，在病理上，二脏相克的生理关系发生变化后是可以相互传变而病的，主要在“相乘”和“相侮”的二个方面。
相乘，是正向相克太过导致周体运转的造化变易规律失常而致病，其相乘的原因有二。1：肾脏之寒气太过亢盛，而致其所克之心脏之阳热之气受到过度的克伐，即“水旺乘火”（肾气乘心）。2：心脏之气过于虚弱，不能耐受其所不克之肾脏之气的正常克制，而出现的相对克伐太过，即“火弱水乘”（心衰肾乘）。如：肾之寒水之气太过亢盛而克伐过度，则可伤及心之阳热之气，而全身就会失去心阳的温煦而发为虚寒性等的病理现象，称为“水旺乘火”。若心气过于虚弱，不受肾气的正常克制，则可伤及心气的温化作用，则会出现阳不化水等的水湿泛滥之证，称为“火弱水乘”。如《素问·气交变大论》说“岁水大过，寒气流行，邪害心火。民病身热烦心躁悸，阴厥上下中寒，谵妄心痛，寒气早至。”“岁火不及，寒乃大行，长政不用，物荣而下，凝惨而甚，则阳气不化，乃折荣美。民病胸中痛，胁支满，胸腹大。”
相侮，是指反向克制导致周体运转的造化变易规律失常而致病，其相侮原因亦有二，即“太过相侮和不及相侮”的二个方面。1：太过相侮。是由于心脏之气太过亢盛，导致所不克之肾脏之气无力克制而反被克的病理现象。即“心火侮水”（心气反侮肾气）。如：肾水本能克制心火，使心火肾水相互既济，上下协调；由于心有邪气以致心火亢旺而伤阴，以致心气不能下滋肾气而致心肾不交等的病理现象，即“心火侮水”2：不及相侮。是由于肾气虚损，导致其所克之脏之心气出现反克的病理现象。如：肾水不足不能制约心火，而出现的肾阴亏于下，心火亢于上等的阴虚火旺之证。称为“水竭火侮”。
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