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一张切片的五一NGS之旅

难得一遇、长达五天的五一假期,是不是让大家嗨翻了天?我也不例外,承载着主人期望的我,迎来了一场奇妙的帝都之旅——“进京赶考”!

我是一张新鲜出炉的癌组织切片,和同胞兄弟姐妹一起,从主人的身上被白大褂叔叔切下来后,医院的病理室,安排到了各自的小窝上,就这样,我诞生啦!

没想到刚刚诞生,连懒腰都还没来得及伸一伸,就让一个稳重的销售大哥给取走了,他从护士那里带走我的时候,反复确认了我身上特有的病理编号。我想,这大概就是人类常常提到的身份证号吧。嘿嘿,我也是个有身份的切片啦!

销售大哥把我和兄弟姐妹们放在同一个切片盒中,附上了一份肿瘤基因检测申请单,这就如同我们一家子的户口本,上面有个logo——吉因加,原来这就是我们的目的地。他把我们包裹好后放进了一个箱子里,这里好冷啊,我的旁边有好多个小伙伴,其中有个肉乎乎的家伙,泡在组织保存液中。她说她是一个刚出生不到1h的新鲜癌组织,为了让她的赶考之旅不出意外,我们要立刻进京。既然她比我小,姑且叫她组织妹妹。

抵京

镜检

很快,我就到达了北京,开启了我的NGS奇妙旅行。

从小听主人念叨的地方,没想到,时隔不到一天的时间,我竟然比他先来了这里。快递师傅拉着我们穿梭在逐渐恢复生气的马路上,我隔着一层层的包裹,听见他感慨道:“生命园公交站前两个月冷清得很,这几日也开始热闹起来了。”

他突然又略显激动的喊了声:“嘿!你在这呐,我正要去吉因加送样本呢!都快傍晚了,你来公司就是为了收我送来的最后一批样本吧?门口等你啊。”看来他们很熟嘛,听上去会在我们的目的地再相遇,期待!

到了吉因加医学检验实验室,快递师傅和取样人熟络地打了招呼,核对快递信息后,师傅就正式把我们交了出去,我怀着激动的心情,等待出箱。

一丝亮光照入箱中,我一抬头,看见一个实验员拿着我们的户口仔细核对我们身上的信息。我顺利的通过了身份验证,开心地等待接下来的安排。不过来自糊涂省的一个切片被拦下了,他的身份信息貌似有些问题,另一个实验员接过了他,通过他的户口联系到送他来的销售,看来他的京城一游到此结束了,真是替他感到可惜。

来自五湖四海的组织一起被送到了病理室,听说来到吉因加的组织和石蜡切片都需要进行镜检。不过,此时组织就要先进行包埋制成蜡块了,这要20h左右,就像我曾经经历过的一样。我亲眼看着组织妹妹被镊子夹起,裹包埋纸、入盒、上脱水机,后面应该会经历滴蜡,直至石蜡完全凝固,制成蜡块,再进入切片机进行切片制备。不过后面的步骤我就看不到了,由于我已经是切片,免去组织包埋的过程,因此比组织妹妹提前一天开始后面的旅程。

实验员用苏木素、伊红等染色剂对我们这些切片进行染色,给我们穿上粉色的外衣,又被放在显微镜下进行阅片。当我听见进行记录的实验员在表单上写下我的肿瘤细胞含量合格的字眼时,心里的石头放下了些,真是过了个大门槛,可以正式进入NGS检测啦!不过此时的我万万没想到,后面的检测居然还有多达30个质控指标在等着我。

晚上6点,经过了镜检筛选,我们依次被实验员用各自专属的刀片脱去了切片外衣,变成蜡卷,放在了写有专属吉因加编号的离心管中,此时大家整齐划一的模样,我知道,一切才刚刚开始!

我们被一个大兄弟带到提取实验室,他很敬业,五一假期仍在公司加班,被他捧在手上,我觉得很安心。我的管中被加入了孵育buffer,为了孵育完全,我们要在恒温混匀仪上睡一夜。

DNA

提取

在“自动核酸提取仪”中待了半个小时后,我就变成了DNA。

在北京的第一个清晨,早上9点,我们被实验员转移到旁边的实验室。在“自动核酸提取仪”中,我们分别在各自的试剂条中与磁珠结合半小时后,我就变成了DNA,速度可真快!听说这个仪器每天可以让个切片进行变身,旁边给细胞变身的仪器通量更高,每天有个呢!

下午4点,我和各种类型的DNA伙伴一起被放入了96孔板,在“Covaris打断仪”上经过了6分钟的超声波攻击,我细长的身躯被震得大小均一,实验员取走了一小部分,听说是进行电泳和DNA质控。剩下的就被放入冰箱,等待新的实验员开启下个旅程。

建库

杂交

我们被戴上特有编号的Index帽子,有了统一却又各异的模样。

第二天早上9点,两位小姐姐准时带我们进入了新的实验区域。他们同样坚守在工作岗位上,真是辛苦。新的实验区域叫做PCR实验室,这是单流向通道,目的是为了防止低浓度被高浓度污染。

首先进入建库实验室,实验员为了让一条条普普通通的DNA顺利登上测序仪列车,对我们进行了精致的打扮和放大式的PCR扩增,给我们戴上了带有特殊编号的Index帽子作为入场的门票,Index可是独一无二的,代表了我们的身份。

尤其是想登入高大上的“Gene+Seq-”号和“DNBSEQ-T7RS”号,又专门在我们带着Index编号的帽子上,插上了一段标有贵族代号的“UMI”,这可是独创技术。就这样,一条条DNA在建库的包装下,有了统一却又各异的模样。

下午4点,实验员带我们进入杂交实验室,按照样本类型、检验项目、探针的不同,重新排列组合,混合到不同的离心管中,因为建库时的帽子,在一个离心管中也不怕区分不开我们啦。

蒸干之后,晚上9点,我们被放在了一个叫做全自动杂交洗脱仪的仪器中,听说这个机器可以完全自动化操作,无人值守也可以出色地完成工作。果然,仪器开始自行运转,依次在管中加入杂交buffer、探针等一系列试剂,为了确保我们与探针能够充分结合,我们开始在65℃的温暖环境中进行8h的充足休息。

洗脱

测序

经过自动洗脱后,我正式进入了测序环节,在测序仪的肚子里化成DNA序列信息。

第三天早上7点,人们仍在睡梦中时,我已经和我的95个兄弟,在全自动杂交洗脱仪的带领下踏上自动洗脱的旅程。9点洗脱完成,大家陆陆续续开始上班,检验人工作日常的真实写照呀!一位小姐姐开始对我们进行磁珠纯化,到了中午11点,我们顺利地完成了捕获环节。

下午1点,我们到了高大上的测序室,在这里我将完成化茧成蝶的最后一步。首先,上机组小哥哥按照我们精致的帽子,将我们分成了不同组,并分别放入PCR仪中,之后我们必须依靠自己的力量化作“衔尾蛇”,进行Gene+Seq-测序环节中特有的DNB步骤,之后再生成一个个尺寸均一的纳米级DNB球,通过loader进入测序仪配套的芯片中,最后,小哥哥将芯片妥帖地放入名为“Gene+Seq-”的小巨人肚中,听说这些小巨人可是苏州吉因加制造出来的呢。

在小巨人肚中,DNB球发出了红色、绿色、蓝色、黄色的光芒,随着测序时间的推移,光芒一点点化作翅膀,最终组合成每个样本独特的DNA序列信息。

在旁边,我还看到了两个巨大的仪器,叫做“DNBSEQ-T7RS”,每个可以同时上4张芯片,24h即可产出高达6T的数据量,通量几乎是“Gene+Seq-”的10倍有余,相信在不久的将来,这个大大的仪器一定会发挥越来越重要的作用,让更多的样本进行更高效的测序。

信息

分析

湿实验到此结束,接下来是干实验,我经过多次变身,成为一个包含各种信息的Excel。

晚上8点,从测序仪出来之后,湿实验环节就正式结束了。接下来是干实验环节。一位小姐姐在吉因加Lims系统中对我们进行信息分析的任务下达,生信的专有流程从数以万记的Reads中提取到含有专属Barcode标识的Reads,放到一起组成纯净的数据。此时我变成了一种叫做Fastq的形式,不过他们说,变成Fastq后还需要经过多次变身:首先通过比对变成Bam,再通过Calling变成VCF,紧接着通过注释变成一个文本,最后,我成为了一个包含了各种变异信息的Excel。晦涩的词句听得我云里雾里,但心里清楚,我又要流入下一个环节,等待解读啦。

报告

解读

我游走在吉因加自建的强大解读数据库,被标记上了详细的文字解析。

一大早,刚迈进解读环节,干实验质控就对我进行了例行检查,把我的深度、污染率、0.5倍覆盖度等一系列QC指标都一一进行把控。突破干实验质控重围,我投入了解读组小姐姐的怀抱,此时Lims系统会自动将我体内不准确的突变剔除掉,保留下主人真正携带的突变,带着这些突变,我游走在吉因加自建的强大解读数据库,准确的规则让我在庞大的数据库中有序穿梭,出来之后我被标记上了详细的文字解析,通过解读与IT共同搭建的报告体系,根据主人的不同诉求,生成相应的用药指导、术后监测、疗效评估等不同的检测报告。

直至报告发放之前,实验室小姐姐都会严格监控全流程检测中的所有质控指标,包括湿实验和干实验,如果任何一个环节有问题,她都会沟通协调上下游部门,确认样本如何处理才是最利于患者又保证数据可靠的最佳方案,并反馈给销售大哥。“红军不怕远征难,万水千山只等闲”,终于,我突破了重重关卡,在五一假期后的第一个工作日,生成一份吉因加检测报告,电子版和纸质版先后送到了我的主人手中。

经过复杂的NGS检测,我体会到,吉因加高素质的团队,秉承着严谨的工作态度,保障样本的高通量检测,提供专业的交付服务,并输出有质有量的检测结果,他们有足够的能力为肿瘤患者的全病程精准诊疗提供临床检测服务。

关于吉因加

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吉因加创立于年4月,是国内领先的肿瘤精准医疗高科技企业。公司立足国产NGS平台和肿瘤基因大数据,布局肿瘤防治全链条,打造临床检测服务、医疗器械制造、科技合作服务、肿瘤防治服务四大业务板块,致力于成为最值得信赖的肿瘤基因大数据服务平台。

公司聚焦肿瘤精准防治大需求,为客户提供覆盖全癌种、全病程的肿瘤NGS基因检测服务。下属北京、苏州和深圳三地医学检验实验室均拥有第三方医学检验实验室医疗机构资质,已连续四年在卫健委临检中心(NCCL)、美国病理学家协会(CAP)、欧洲分子基因诊断质量联盟(EMQN)等国内外权威机构的室间质评和能力验证项目中表现优异,并荣获CAP证书,已建成为国际高标准的临床NGS基因检测实验室。

吉因加立足国产NGS大平台战略,为肿瘤应用研发的Gene+Seq-/国产基因测序仪、人EGFR/KRAS/ALK基因突变检测试剂盒以及Gene+OncoBox肿瘤NGS全自动分析解读一体机在年分别获得国家药品监督管理局三类医疗器械注册证和二类软件证书,以“三证齐全、全面合规”的优势占据了肿瘤NGS赛道行业制高点,国产高品质为特色的肿瘤NGS平台全流程医院和权威专家的专业认可。截至目前,吉因加国产测序平台和试剂盒已经进入全国20医院,用于临床和科研服务,数据产出近T。

吉因加以基因大数据驱动肿瘤防治一体化和诊疗一体化,已与国内外医院、药企及科研机构开展临床和科研合作,积累肿瘤数据14万多份,以大数据持续赋能产品服务的升级迭代和临床价值挖掘。引入T7超高通量测序仪,打造从临床检测、科研服务到药企服务、肿瘤早期检测等肿瘤精准医疗上下游的产业闭环。基于吉因加基线数据库,公司在国际权威学术期刊发表论文90多篇,影响因子多分,申请专利和软件著作权50多项,在业内积累了强大的学术品牌影响力。

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